质粒
为了对文献中的部分启动子进行表征,我们构建了含有绿色荧光蛋白(GFP)片段以及其核糖体结合位点(RBS)的Pad-123-GFP报告质粒(GFP片段不含启动子)。其具体序列及注释信息可点击下方文件查看。
天然启动子序列数据库
在枯草芽孢杆菌基因组尺度启动子识别部分,我们介绍了如何使用多种启动子预测软件在基因组尺度下搜索的启动子序列,最终构建天然启动子序列数据库,具体结果可点击下方文件进行查看。
启动子序列-转录强度数据库
在转录组测序部分,我们介绍了如何对枯草芽孢杆菌菌株进行转录组测序,从而获得了不同基因的转录强度。同时,我们结合了启动子预测软件投票得到的天然启动子序列数据库,共同构建了启动子序列-转录强度数据库,具体结果可点击下方文件进行查看。
启动子序列-荧光强度数据库
在文献数据收集和文献启动子表征部分,我们分别介绍了如何从文献中获取启动子序列与其强度,以及我们如何对这些启动子进行表征,对其荧光表达强度进行一致化。在训练数据库的构建部分我们介绍了如何对得到的数据进行数据处理,最终得到统一的数据集,即启动子序列-荧光强度数据库。具体结果可点击下方文件进行查看,实验的其他补充材料(如胶图)及原始数据等在附件中。
>> 此外,您可点击此处下载实验原始数据